Center for Diagnostik DTU har fundet den første danske covid-19-prøve med den brasilianske variant af coronavirus.
I januar 2021 indgik Center for Diagnostik DTU en aftale med Danske Regioners Kriseledelse om at undersøge samtlige prøver, som er fundet positive i DTU’s laboratorier, for alle kendte varianter af coronavirus. Aftalen omfatter sekventering af alle positive prøver fra DTU’s egen pipeline (prøver fra Slagelse Hospital og Region Hovedstaden), samt fra Region Hovedstadens egne laboratorier. En variant, som har vakt stor bekymring andre steder i verden, er den brasilianske P.1, og den er nu fundet i en af disse prøver.
I den senere tid har der særligt været fokus på den britiske og den sydafrikanske variant i Danmark. Det skyldes, at de begge florerer i samfundet, omend i forskelligt omfang. Den britiske variant udgør i skrivende stund omkring 70 procent af den danske epidemi, mens den sydafrikanske ikke er udbredt. Den brasilianske variant vækker især bekymring fordi den, som nogle af de andre varianter, muligvis er mere smitsom og muligvis kan smitte individer, som har været smittet tidligere. Og man ved endnu ikke med sikkerhed, hvor effektive vaccinerne vil være mod den.
I modsætning til den såkaldte Delta-2 PCR-test, hvor det ikke er muligt at skelne mellem den sydafrikanske og den brasilianske variant, kan det gøres med en protokol til såkaldt Sanger-sekventering, som er udviklet af Tue Sparholt Jørgensen, postdoc på DTU Biosustain.
Sanger-sekventering
Der findes en lang række metoder til DNA-sekventering. Sanger-metoden er den ældste, og den er for store sekventeringsopgaver i høj grad erstattet med nyere metoder. Den har dog flere fordele i det nuværende scenarie, fortæller Helene Larsen, udviklingschef på Center for Diagnostik DTU:
”Sanger-sekventering er en kendt metode i meget store dele af verden og vil ikke kræve så stor forberedelse af prøverne som andre metoder. Og det er fortsat en af de metoder, man måler nyere metoder op imod. Endelig, og det er jo særlig relevant i en dansk kontekst lige nu, så kan Sanger-sekventering både bekræfte, at de specifikke brasilianske P.1-mutationer er der, og at de specifikt sydafrikanske ikke er der.”
Man får med Sanger-sekventering også en kvalitetsbestemmelse af, hvor pålideligt resultatet er. Derfor var der ikke tvivl om resultatet, da Center for Diagnostik mandag den 1. marts fik det tilbage fra sin underleverandør, Eurofin Genomics i Köln: En prøve, som var blevet konstateret positiv på et af Region Hovedstadens laboratorier, viste tydelige tegn på at stamme fra den brasilianske variant. Efter mutationerne blev fundet, blev rådata tjekket grundigt igennem ad flere omgange. Signalet var meget tydeligt, og fejlraten er i omegnen af én ud af en million.
Tre mutationer
I prøven fandt man tre mutationer, som er karakteristiske for P.1: E484K , N501Y og H655Y. Samtidig har prøven ingen af de karakteristiske mutationer, som er specifikke for B.1.1.7 (britisk) eller B.1.351 (sydafrikansk). Selvom den muterede virus i meget høj grad ligner den brasilianske variant og ingen af de andre kendte varianter, skal der en helgenomsekventering til, inden det endegyldigt kan påvises. Denne sekventering foretages af Statens Serum Institut.
”Det er selvfølgelig umiddelbart bekymrende, at vi nu kan se den brasilianske variant i en dansk covid-19-prøve, selvom vi ikke kender de nærmere omstændigheder bag prøven. Set fra vores perspektiv er det dog samtidig betryggende, at vi, med den sekventeringsmetode vi har udviklet, er lykkedes med at påvise den inden for ganske kort tid,” siger Helene Larsen.